Kolonie Catinon byla založena v roce 729. před naším letopočtem. Později se město dostalo do vlastnictví Gerona ze Syrakus, který přejmenoval město na Aetna. Město se v roce 461 před Kristem vrátilo Řekům.
V druhé poloviny 3. století před Kristem dali Římané městu status civitas decumana, což znamenalo, že město muselo platit desítek. Tehdy ve městě vládl klid a město napředovalo.
Od 6. století ve městě vládli Osrogóti, po nich se vlády zmocnili Arabové. Od 11. století ve městě vládli Normané, kteří začali stavět katedrálu.
V roce 1669 město zasáhla katastrofa. Po zničující erupci Etny bylo město pokryto silnou vrstvou lávy, která zasahovala až do moře. O 30 let později městem otřásla další katastrofa, tentokrát zemětřesení. Po těchto událostech muselo být město obnoveno, a tak město dostalo barokní podobu podle plánů, které navrhl GB Vaccariniho.
V 18. století se ve městě Catania odehrály hlavní boje Risorgimento - národního obrození. To vyvrcholilo vzpourou Giussepe Garibaldiho.
I během 2. světové války bylo město terčem útoků. Budovy města byly vážně poškozeny.
